“合理規劃”優化城鄉空間布局。土地整治是對過去城鄉分割格局的重構，促進城鄉空間布局優化及均衡發展。浙江省將土地綜合整治提高到全省全域的高度，優先做好土地整治頂層設計，依托現代土地測繪等技術形成規劃基礎數據，合理安排農村建設用地和生產生活用地，堅持“規劃先行”與“多規合一”，通過對城鄉之間全域規劃、統籌考慮，達到城鄉空間格局優化。如：杭州市西湖區三墩鎮處于城鄉接合部，其耕地利用碎片化問題突出，通過開展全域土地綜合整治對城中村進行全面改造、小城鎮環境綜合整治，實現了土地利用的節約集約，并以片區為單位，打破鎮村之間的行政界線，對城郊地區空間布局進行騰挪轉換，統籌利用各類土地資源，實現土地精細化管理。
“區域統籌”促進城鄉要素流動。浙江省統籌考慮農用地、建設用地、未利用地整治，實現城市建設用地節約集約、農村耕地質量提升、未利用地保護提質，為新型工業化、城鎮化和農業現代化提供土地資源保障，并依托“土地整治+”模式，讓社會資金流入農村，大力發展農村產業，助力鄉村振興，實現資金、技術、人才等生產要素在城鄉之間有序合理流動。如：嘉興市嘉善縣通過大力推進“標準地”建設，實現土地要素市場化目標；通過實行差別化用地政策，開展農村產業發展用地試點，促進三產融合發展；通過對閑置農房的綜合規劃，鼓勵利用閑置農房發展鄉村旅游、民宿、文化創意等產業，為工商資本下鄉提供契機；推進企業參與投資，促使土地和資金等要素在城鄉之間有序流動。
“以人為本”提高農民生活質量。在全域土地綜合整治中，浙江省通過改善生態環境、促進當地特色產業發展，提升農民的獲得感。依托“土地整治+”，推進美麗鄉鎮、鄉村旅游、農業園區、古村保護等建設和開發，促進農村經濟發展、農民收入增加、生活水平提高，使農村具備城市的基礎配套設施，城鄉居民生活差距漸趨縮小。如：松陽縣在全域土地綜合整治過程中，遵循“天人合一”理念，通過對古村落的改造和恢復重建，結合當地自然景觀，使得曾經居住環境差的小村子變成富有“韻味”的美麗古鎮；通過整鎮推進的整治方式，市縣協作互助，打造特色水稻基地和果蔬樂園綜合體，不僅帶動相關產業的發展，也促進配套基礎設施完善，促進當地就業崗位增加、農民增收和生活質量改善。
“生態修復”改善城鄉宜居環境。“生態為基、保護優先”是浙江省開展土地綜合整治的原則之一，是浙江生態文明建設的重要原則。浙江省辨證處理保護與開發的關系，始終將生態環境保護放在優先位置，注重對耕地、古村落、歷史文化古跡的保護，堅持保護優先，并在生態環境修復、改善城鄉環境方面發揮積極作用。如：杭州市雙浦鎮作為“山水林田湖草”全要素整治試點基地，在全國率先推行全要素、全區域的土地整治與生態修復工程，通過徹底拆除各類違法建筑、科學系統治理水域、專項礦山治理、建設用地復墾、城中村改造等措施，改善農村生活生態宜居環境，使雙浦鎮走上“富春山居圖”再造之路。
土地綜合整治管理決策行政化。政府行政力量主導了土地整治全過程。一方面由于土地作為公共產品，其屬性決定難以依靠個人或者單個組織來統一指揮和統籌規劃；另一方面，與政府處于職能轉換期、政府“行政權力偏好”有關。此外，現階段農村治理體系與能力的弱化，也導致土地整治過程中“政府依賴”的客觀現實，而參與渠道少、參與流于形式等問題更加阻礙公眾參與。
土地綜合整治實施過程工程化。以土地整治工程為助推方式，注重對工程項目管理、監督和考核，并以此作為土地整治工作效率評定標準，導致“土地整治工程化”。土地綜合整治偏重工程建設屬性，忽視社會治理屬性，導致農民在土地整治的過程中獲得感較差。盡管工程化導向的土地整治在城鄉資源優化配置、土地利用空間格局優化、公共基礎設施完善和經濟融合發展等方面發揮重要作用，但在實施過程中若忽視土地權屬關系調整，仍不利于城鄉持續融合發展。
土地綜合整治利益協調復雜化。在土地綜合整治過程中，城市建設用地與農用地之間、城鄉居民之間、政策制定者與工程實施者之間、土地整治工程與生態環境保護之間的關系協調問題尤為突出，協調多元利益是土地整治的關鍵。這是一個涉及多方利益的綜合性、復雜性的系統過程，需要協調各主體間利益關系。而土地整治工程實施過程中，由于農民缺乏有效參與機制，阻礙其參與土地整治工程的方案選擇、實施和評估，也導致其土地利益難以有效表達。
土地綜合整治融資渠道單一化。土地整治需要大量的資金投入，既要滿足農村基礎設施建設需要，又要對部分拆遷農戶進行補償，還要保障高標準農田建設配套資金需要。目前，土地整治的資金來源渠道單一，主要依靠政府財政支持，社會資金較少參與，金融機構和社會資本未能在土地綜合整治中發揮積極性作用，并且對于大部分山區而言，農村集體經濟相對較為薄弱，在推進當地經濟發展和農村基礎設施建設過程中，超前投資、負債運行的情況較為突出。
完善土地綜合整治多元參與機制。完善多元參與機制，積極引導農民等主體參與土地整治工程項目規劃、管理及實施，避免土地綜合整治決策過度行政化；積極轉變政府職能，完善和創新基層民主管理制度，發揮農民在土地整治中的主體作用。同時，重視培育農村自治組織的創立及發展，形成社會力量參與土地整治的多樣化途徑；創新公眾參與土地整治的途徑和渠道，建立“政府主導、農民主體”的土地整治體制機制。
明晰農村土地產權“三重屬性”功能。應直面土地權屬關系調整的需要，推動“三權分置”土地產權制度改革，從根本上解決土地整治工程化問題。為實現城鄉融合發展，需要加快農村土地產權制度改革創新，促進完善土地資源合理配置和流動交易機制，明晰土地產權屬性，提高土地配置的經濟效率、政治保障力及社會公平性，協調土地產權經濟屬性、政治屬性和社會屬性等“三重屬性”。
創新土地綜合整治利益共享機制。土地綜合整治既需要多元主體共建共治，更要實現改革的紅利共享，協調多元主體土地利益關系。應創新土地綜合整治利益共享機制，包括協調農戶與集體、國家的利益關系，農村與城市利益關系，代際利益關系等。創新完善土地綜合整治過程中土地收益分配制度，保障農民土地利益。轉變以城市為中心的發展理念，在土地整治過程中把城鄉看作平等的雙方，避免為滿足城市建設發展的土地需求而犧牲農村、農民的發展空間。
拓寬土地綜合整治多元融資渠道。土地整治是一個投入見效慢、收益期長的過程，由于逐利性、短視性等特征，社會資本難以主動參與。僅依賴基層財政投入，難以保障土地綜合整治順利推進。應創新社會資本參與土地整治的體制機制，拓寬多元融資渠道，充分利用增減掛鉤等政策，促進城市資金合理流動，保障資金來源。同時，支持金融機構在土地整治過程中創新金融產品和服務。可依據法定程序、規定等要求招標單位預先墊資，待項目工程完成并驗收后，再全額支付墊付建設資金。